GNOME Commander to w pełni funkcjonalny, zaawansowany menedżer plików oferujący sporą ilość ciekawych opcji.
Aplikacja swoim wyglądem przypomina program Total Commander, który jest liderem w tej branży dla platformy Windows. Poza standardowymi funkcjami, takimi jak praca w kartach, obsługa protokołu FTP, folderów udostępnianych w sieci, opcji historii katalogów, funkcji szybkiego montowania i odmontowywania dysków, program został wyposażony w szereg dodatkowych opcji stworzonych z myślą o zaawansowanych użytkownikach. Wśród nich znaleźć można między innymi rozbudowaną wyszukiwarkę z obsługą symlinków oraz funkcję porównywania katalogów, możliwość zarządzania danymi z poziomu linii poleceń czy automatyczne odświeżanie zawartości przeglądanych folderów.
Dodatkowo aplikacja obsługuje wtyczki za pośrednictwem, których można poszerzyć funkcjonalność programu.