Mendeley Desktop to darmowa aplikacja przeznaczona dla studentów, uczniów, a także osób gromadzących na dysku dokumenty czy ważne dane tekstowe. Program umożliwia ich katalogowanie i zarządzanie. Dzięki temu użytkownik może w szybki sposób przeszukać bazę plików, stworzyć bibliografię do pracy czy podzielić się przechowywanymi materiałami. Mendeley Desktop posiada prosty interfejs, który pozwala na tworzenie kategorii plików (ulubione, niedawno dodane, moje publikacje), pogląd listy, dodawanie tagów i abstraktu. Dane można filtrować na podstawie tytułów, nazwisk autorów, tagów i słów kluczy. Możemy również dodawać gwiazdki do wybranych plików. Osoby, które zdecydują się na założenie konta na stronach producenta, mogą zapisywać kopie zapasowe materiałów na wirtualnych serwerach. Pozwoli to na dzielenie się danymi z innymi użytkownikami, a także łatwe odzyskanie plików w przypadku problemów z komputerem. Za pomocą panelu preferencji można zmieniać ustawienia plików, miejsca docelowe zapisu bazy danych, import dokumentów, jak również ustawienia proxy.