Programy przeznaczone do szyfrowania danych, umożliwiają szyfrowanie wybranych plików lub całych dysków, niektóre pracują przy tym "w locie", co oznacza, że użytkownik mając zabezpieczone w pełni zasoby może z nich korzystać identycznie jak w przypadku zasobów nie zabezpieczonych. Większość programów wykorzystuje tak silne algorytmy szyfrujące, że praktycznie nie ma możliwości aby dane zostały odczytane przez osoby niepowołane.