Oprócz wspomnianej nowości w PeaZip 3.9 pojawiła się możliwość wypakowywania plików w formacie ZIPX. Wprowadzono też szereg poprawek dotyczących między innymi menadżera plików. Poprawiono pracę i wyświetlanie menu kontekstowego, pojawiła się również nowa funkcja - ulubione formaty kompresji danych. Kolejne zmiany jakie zaobserwujemy w PeaZip 3.9 to lepszej jakości ikony, nowe motywy graficzne, jak również nowe podmenu w kategorii Organize. Pozwala ono na wybór wielkości ikon w ramach interfejsu programu. W wersji PeaZip 3.9 dla systemu Windows dodano skrót w menu Start umożliwiający przywrócenie domyślnych ustawień w programie.
Warto zauważyć, że PeaZip poza standardową obsługą kompresji i dekompresji plików oferuje również funkcje pozwalającą porównywać, dzielić i łączyć pliki, generować sumy kontrolne czy usuwać bezpiecznie pliki czy tworzyć losowe hasła. Dodatkowo archiwa można zaszyfrować jednym z dostępnych algorytmów AES256, Blowfish, Twofish256, Serpent256.
