VirtualBox 4.1 jak informuje producent, wprowadza szereg zmian, w tym obsługę funkcji umożliwiającej klonowanie maszyn wirtualnych. Można tego dokonać z poziomu VBoxManage. Kolejne zmiany to rozszerzony instalator nowych dysków (między innymi o wspomnianą wyżej funkcję). Poprawiono również format obrazu podczas skalowania okna (dla systemów Windows i Mac), zwiększono limit pamięci dla maszyn wirtualnych w trybie 64-bitowym do 1 TB. Dla hostowanych systemów Windows pojawiła się eksperymentalna obsługa interfejsu Windows Aero.
W wersji 4.1 wprowadzono też szereg poprawek takich jak między innymi usunięcie błędu występującego podczas pracy z formatem plików VHD i Parallels czy przy obsłudze portów USB. Poza tym pojawiła się możliwość zmiany ustawień proxy, poprawiono też instalację Guest Additions w systemie Windows. Pełna lista zmian wprowadzonych w VirtualBox 4.1 dostępna jest na stronach producenta. Finalne wydanie programu poprzedziły trzy wersje beta.
