27 lipca 1981 roku Microsoft kupił od firmy Seattle Computer Products system operacyjny 86-DOS, aby dostarczyć go IBM dla komputera PC. Tak rozpoczęła się era Microsoft DOS (Disk Operating System), najpopularniejszego systemu operacyjnego w latach 80-tych i w pierwszej połowie 90-tych.
Firma Seattle Computer Products potrzebowała systemu operacyjnego dla karty z procesorem 8086. Niestety system CP/M-86, którego chciała użyć, był nieukończony. Zdecydowała się więc stworzyć swój odpowiednik tego systemu. Za to przedsięwzięcie odpowiedzialny był Tim Paterson, który teraz nazywany jest ojcem DOSa. Opracowany system operacyjny nazwano Q-DOS, co było skrótem od Quick-and-Dirty Operating System. Jako bardziej oficjalną nazwę wybrano 86-DOS. Gdy system został zakupiony przez Microsoft, miał on w założeniu pracować na każdym komputerze z rodziny 8086. Aby to osiągnąć zdecydowano, że system będzie miał budowę modułową a każdy producent komputerów będzie go dostosowywać do własnych potrzeb. Wkrótce jednak IBM PC stał się standardem i dla komputerów z nim kompatybilnych wystarczyła jedna wersja DOSa.
DOS nie był systemem wieloużytkownikowym ani nie zapewniał wielozadaniowości. Ta druga mogła być w pewnym stopniu zapewniona przez programy rezydentne (TSR), które po zakończeniu działania pozostawały w pamięci i mogły być uruchomione np. przez przerwanie. Proste jądro zapewniało zestaw wywołań systemowych, z których mogły korzystać aplikacje. Dostępna była ograniczona warstwa abstrakcji sprzętu, wiele programów było dostarczanych przez to z własnymi sterownikami. Gdy pojawiły się pierwsze wersje Windows, DOS działał jako podstawa umożliwiająca im działanie. Był to też moment od którego użytkownicy zaczęli mieć z nim coraz mniej do czynienia a pracowali głównie w okienkach. Począwszy od Windows 95, DOS był zintegrowany z graficznym systemem Microsoftu, nie trzeba było go instalować oddzielnie. Wtedy też zaczął się schyłek DOSu. Systemy Windows NT już go nie potrzebowały do działania, a DOS był w nich zawarty jedynie dla kompatybilności. Nie był podstawowym składnikiem Windows a wręcz przeciwnie, działał pod jego kontrolą, w maszynie wirtualnej NTVDM. Obecnie użytkownicy Windows mają pewien styk z DOSem, gdy pracują w wierszu polecenia cmd.exe, którego niektóre polecenia działają podobnie jak pod DOSem. Natomiast sam DOS bywa jeszcze wykorzystywany w zastosowaniach wbudowanych, gdzie jego zaletą są bardzo małe wymagania sprzętowe.
Oprócz różnych wersji MS-DOS powstały też różne systemy mniej lub bardziej z nim kompatybilne, np. FreeDOS czy Novell DOS.