Stabilne wydanie 4.0 programu wnosi wiele poprawek, szczególnie w wersji dla systemu Windows. Na liście zmian znajduje się poprawienie sporej liczby błędów wykrytych przez użytkowników bety Cyberduck 4.0 dla Windows. Jak wiedzą wszyscy, którzy testowali ten program, było co poprawiać.
Wielu użytkowników ucieszy fakt, że w wersji 4.0 programu dodana została obsługa zdobywającej coraz większą popularność usługi Dropbox. Od tej wersji Cyberduck umożliwia również wymianę plików z Windows Azure Blob Storage, a możliwości pracy z chmurą Amazon S3 zostały mocno rozbudowane. Użytkownicy systemu Windows mają również możliwość szybkiego nawiązywania połączenia SSH z użyciem PuTTY z serwerem, z którym odbywa się wymiana plików po SFTP. Ponadto w tej wersji wprowadzono kilka drobnych zmian, których pełna lista jest dostępna na stronie projektu.
