Największa zmiana w 3.1 to wprowadzenie silnika Gecko 1.9.2. Jest on obecnie stosowany w przeglądarce internetowej Firefox 3.6. Silnik może być używany w Thunderbirdzie do obsługi niektórych rozszerzeń - np. kalendarza Google Calendar. Może być również wykorzystywany do tworzenia e-maili, które wymagają zamieszczenia elementów stron WWW. W sumie w 3.1 Alpha pojawia się aż 147 zmian i poprawek.
Jak informuje Mozilla, w Thunderbirdzie wprowadzono kilka ulepszeń związanych z IMAP. Naprawiono również błędy związane ze Smart Folders, filtrami wiadomości i załącznikami. Download Manager jest teraz dostępny jako element menu - wystarczy kliknąć zakładkę Narzędzia, a następnie Zapisane pliki. Programiści dokonali także nieznacznych korekt w interfejsie programu.
