9. 5 poziom i wybór drużyny

• żółta, Instinct, kierowana przez postać o imieniu Spark. Jej ideą jest ufanie instynktom Pokemonów i badanie wpływu inkubacji jaj na ich intuicję.
• niebieska, Mystic, kierowana przez Blanche. Jej ideą jest badanie ewolucji Pokemonów, chłodna analiza i zaufanie mądrości stworzeń. To drużyna intelektualna.
• czerwona, Valor, kierowana przez Candelę. Drużyna bada możliwości wzmocnienia Pokemonów i zwiększenia ich siły. Drużyna ma charakter agresywny i bojowy.

Podczas Comic Conu zobaczyliśmy twarze przywódców drużyn.

Każda z frakcji ma swoją maskotkę, która znalazła się w logo (oczywiście można już kupić koszulki, czapki i inne gadżety z tymi znakami). Na maskotki trzech drużyn wybrane zostały trzy legendarne ptaki Kanto – najstarsza trójka równych sobie Pokemonów w uniwersum.

Żółtej patronuje Pokemon Zapdos, który machając skrzydłami może wywołać burzę z piorunami.

Niebieskiej patronuje Articuno, Pokemon kontrolujący chłód i zamrażający.

Czerwonej patronuje Moltres, Pokemon latający o płomiennym ogonie.