Program monitoruje także przestrzeń dyskową Maca i informuje i tym, ile zajmują zbędne pliki (pozostałości po programach, pamięć podręczna, nieużywane kopie zapasowe, kosz, duplikaty i tym podobne). Pliki można szybko usunąć bądź skorzystać z bardziej zaawansowanego widoku, przyjrzeć się pojedynczym programom i zdecydować samodzielnie, które dane można usunąć. W tym widoku Dr. Cleaner pomoże też znaleźć największe pliki oraz zbędne kopie plików. Program pozwala również oznaczać pliki jako chronione i nie będzie próbował ich usuwać.
Jeśli Dr. Cleaner wykryje, że do kosza przeniesiony został program, automatycznie poszuka powiązanych z nim plików i usunie je razem z programem.