Aktualizacji doczekał się także system iOS 6, który zainstalowany jest już na ponad 300 mln urządzeń. Wersja oznaczona numerem 6.1 przynosi kilka małych poprawek, z których najważniejsza to wsparcie dla technologii LTE w iPhone’ach u 36 nowych operatorów, a w przypadku iPadów — u 23. Niestety, rodzima sieć Plus nie trafiła na oficjalną listę Apple, mimo że iOS 6.1 w wersji beta pozwalał na korzystanie z LTE w Polsce. Ponadto aktualizacja wprowadza kilka drobnych zmian, takich jak umożliwienie subskrybentom iTunes Match pobierania pojedynczych utworów z iCloud, nowy guzik do zerowania ID odbiorcy reklam oraz kilkanaście poprawek Safari (głównie łatki na luki w WebKicie). Znikła również luka prezentowana (PDF) na Hack-in-the-Box w październiku zeszłego roku, która pozwalała na zainstalowanie Cydii na iPhone'ie 4S (iPhone'a 5 nie udało się kupić przed prezentacją). Urządzenia objęte aktualizacją to iPhone (3GS, 4, 4S i 5), iPad (2., 3., 4. generacji oraz Mini) i iPod Touch (4. i 5. generacji).
Oprócz systemu iOS, koncern przygotował także poprawki dla środowiska programistycznego Xcode. Wersja 4.6 zawiera najnowsze SDK dla iOS i OS X. Poprawiona została między innymi heurystyka autouzupełniania, nowe ostrzeżenia kompilatora pomogą wychwycić ewentualne błędy jeśli używamy ARC (Automatic Reference Counting) i słabych referencji, debugger zaś pozwoli bliżej przyjrzeć się danym w obiektach klas NSArray i NSDictionary. Aktualizacji można dokonać przez Mac App Store.
Jak podaje Apple, w App Store dostępnych jest już 800 tys. aplikacji, które łącznie zostały pobrane 40 mld razy.