Flagową nowością w tej wersji Pixelmatora jest moduł JPEG Turbo, czyli wsparcie bibliotek libjpeg-turbo. Dzięki temu otwieranie oraz zapisywanie plików w tym formacie jest dwukrotnie szybsze, niż w poprzednich wersjach. Ponadto narzędzie do tworzenia gradientów zostało w tej wersji programu przyśpieszone a jakość („gładkość”) gradientów znacznie polepszona. Ponadto zapisane gradienty można importować poprzez przeciągnięcie pliku na paletę gradientów i eksportować poprzez przeciągnięcie z palety na pulpit. Ikona pliku pokazuje podgląd gradientu a całość uzupełnia wtyczka do QuickLook. Dodatkowo w tej wersji programu znalazły się ulepszone narzędzia zaznaczenia i wiele poprawek. Pełna lista zmian znajduje się na stronie producenta a szczegóły dotyczące nowych narzędzi znaleźć można na blogu twórców programu.
Wersję próbną programu Pixelmator 1.6.4 dla systemu Mac OS X można pobrać w dziale Programy -> Grafika -> Tworzenie i edycja grafiki rastrowej.
