Technologia ta nie jest jednak pozbawiona wad i administratorów dużych sieci może przyprawić o ból głowy. Najwięcej skarg wpłynęło ze strony uniwersytetów amerykańskich, gdzie wpuszczenie hordy studentów z iPadami na duży teren z WiFi zaowocowało rozsyłaniem zapytań multicast DNS (mDNS) w poszukiwaniu dostępnych w sieci lokalnej usług. Generują one mnóstwo niepotrzebnego ruchu, a ze względu na budowę tamtejszych sieci, nie przynoszą żadnych efektów, co z kolei spowodowało wpłynięcie do władz uczelni licznych skarg, że na przykład nie da się wydrukować dokumentu z iPada na drukarce w budynku na drugim końcu terenu uczelni (czyli znajdującej się w innej podsieci). W końcu Bonjour, jak wiele starszych protokołów, jest „gadatliwy” i zaprojektowany na potrzeby małych sieci z jednym routerem.
Pozostaje coś zrobić z samymi protokołami (głównie mDNS), aby przy zachowaniu obecnych możliwości, albo nawet ich ulepszeniu, przestały zadręczać infrastrukturę, jednocześnie dając komfort użytkownikom rozbudowanych sieci akademickich czy firmowych. Decyzję o tym podjęto podczas spotkania Internet Engineering Task Force, które miało miejsce w tym tygodniu w Atlancie. Stuart Cheshire, pionier Zeroconf i autor gry Bolo, który obecnie pracuje na stanowisku Czarodzieja bez portfolio w firmie Apple, zaproponował tam rozszerzenie mDNS, a więc także Bonjour. Pomysł od razu poparli IBM, Cisco i CheckPoint, więc już niebawem będziemy mogli cieszyć się możliwością szybkiego podłączenia się do drukarki w innym budynku, a administratorzy będą mogli spać spokojnie.