Koronawirus zamiast Bitcoina: jak możesz pomóc w walce z chorobą

Projekt Folding@home rozpoczął obliczenia mające na celu opracowanie syntetycznych przeciwciał do walki z koronawirusem 2019-nCoV, powodem trwającej (nadchodzącej?) pandemii. Takie przeciwciała stworzono dla podobnego koronawirusa, SARS-CoV z 2003 roku. Projekt jest otwarty i masowy: wykorzystuje wolne oprogramowanie, opracowane wyniki będą ogólnodostępne, a udział w projekcie jest możliwy dla każdego kto pobierze odpowiednie oprogramowanie klienckie.

Jak możesz pomóc w walce z koronawirusem (fot. Pixabay)

Kamil J. Dudek

1 marca 2020, 15:45

Aplikacja Folding@Home wykorzystuje moc obliczeniową procesora i karty graficznej (można ustawić poziom użycia), przyspieszając obliczenia podczas bezczynności. W ten sposób zapewnia, poza nieco wyższym rachunkiem za prąd, pracę dla włączonego, ale nieużywanego akurat komputera.

Zrozumieć proteinę

Według szczegółowych objaśnień opiekunów projektu, proces infekcji koronawirusem 2019-nCoV (znanym również pod nazwą SARS-CoV-2) ma swój początek w płucach, gdzie zachodzi wiązanie glikoproteiny S wirusa z egzopeptydazą ACE2 (konwertazą angiotensyny, angiotensyna jest hormonem kontrolującym zwężenie światła naczyń). W ten sposób dostaje się do komórek gospodarza, gdzie następuje namnażanie. Czyż dynamika molekularna nie jest piękna?

(źródło: "Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation")

Projektowane przeciwciało miałoby na celu uniemożliwić wspomniany proces wiązania, acz (na co wskazuje złożoność powyższego opisu) wykreślenie jego charakterystyki jest zadaniem niezwykle złożonym, wymagającym przez to bardzo dużej mocy obliczeniowej. Każdy z nas może pomóc w wysiłku "rozbrojenia" proteiny S wirusa 2019-nCoV i zapewnieniu skutecznego leczenia, właśnie dzięki klientowi Folding@home.

Słabości klienta

Oczywiście, nie wszystko jest tu łatwe i kolorowe. Klient projektu pozostawia nieco do życzenia. Instaluje się (z prawami administracyjnymi) do katalogu Program Files, zapisując swoje dane do AppData, jak porządna aplikacja. Jest tylko pewien problem: instalator wymaga podwyższenia uprawnień i to on zakłada katalog danych aplikacji. Innymi słowy, pliki są w poprawnych katalogach docelowych, ale tylko administrator ma do nich uprawnienia. Oznacza to, że praca klienta na koncie nieuprzywilejowanym jest utrudniona.

Co gorsza, klient Folding@home jest bardzo mało elastyczny. Na liście przeznaczeń, pozwalającej wybrać cel obliczeń (Alzheimer, rak itd.), koronawirusa dalej nie ma. Jednak broker obliczeń, podczas wybrania "Any", może podrzucić nam paczkę obliczeń przeznaczoną właśnie do 2019-nCoV. Dopiero trwają dyskusje o wydaniu nowego klienta, z opcją jawnego wyboru obliczeń dla proteiny S. Użytkownicy platformy BOINC również mogą dołączyć projektu.

Dedykowany klient Folding@home jest dostępny do pobrania z naszej bazy oprogramowania.

Kamil J. Dudek