Protokół Alfa to tajna organizacja do zadań międzynarodowych, a także system instrukcji oraz uprawnień w posiadaniu wysokiego rangą rządowego agenta, który przechodzi do pełnej konspiracji. Na jego zasadach działa Michael Thorton, były pracownik CIA, postać, w jaką przyjdzie wcielić się graczom w najnowszym dziele ekipy Obsidian Entertainment. Rząd USA posyła nas na Bliski Wschód w celu zbadania, kto za pomocą amerykańskiej rakiety strącił cywilny samolot - początek z miejsca plasuje produkcję w szeregu politycznych thrillerów. Szybko dowiadujemy się, że światowy układ sił wygląda zdecydowanie inaczej, niż mógłby myśleć obywatel, w dodatku zaś pewien globalny spisek grozi jego całkowitemu zachwianiu – i to niekoniecznie na korzyść tych „dobrych”. Gracz ma nieść im pomoc, problem tylko w tym, iż wcale nie jest oczywiste, kto stoi po której stronie. W fabule przeplatają się losy agencji wywiadowczych, korporacji, mafii, polityków, a nawet gwiazd rocka, uwikłanych we wszelkie możliwe skandale…