Oznacza to, że aplikacje napisane na Windows Mobile nie będą działać pod kontrolą nowego systemu. Microsoft zerwał z kompatybilnością wstecz aby skupić się na rozwoju nowej funkcjonalności w Windows Phone 7. Decyzja ta została podjęta po konsultacjach z setkami programistów, które miały miejsce na przestrzeni ostatniego roku. Twórcy aplikacji chcieli tworzyć programy o przyjaźniejszym i ładniejszym interfejsie, mieć do dyspozycji lepsze narzędzia i bardziej wielofunkcyjną platformę oraz łatwo tworzyć przenośne aplikacje, które działałyby nie tylko na telefonach, ale także desktopach/laptopach, stronach internetowych oraz konsolach do gier. Dlatego właśnie wybrano technologie Silverlight i XNA, pozwalające pisać programy na różne platformy sprzętowe.
Microsoft zapewnił jednocześnie, że nadal będą pojawiać się urządzenia z systemem Windows Mobile 6.5 i że będzie on wspierany jeszcze przez wiele lat.
